Сохранилась храмовая опись конца 1918 — начала 1919 года, по которой можно представить себе его убранство. В алтаре во имя Преображения Господня престол и жертвенник были дубовые, покрытые — престол металлическою высеребренною одеждою, а жертвенник парчовою. На горнем месте был устроен вызолоченный, украшенный резьбою иконостас, в середине которого находился образ Воскресения Христова, на стекле, а по сторонам — образы «Моление о чаше» и святителя Василия Великого. Выше в круглых рамах помещались изображения Господа Саваофа и двух херувимов. Всего в иконостасе было восемь икон. За престолом помещались крест и образ Божией Матери «Знамение», на древках, в тумбах; на деревянной золоченой тумбе, в особо устроенном ковчеге, за стеклом — Дарохранительница, серебряная, вызолоченная, имеющая вид храма о пяти главах, с чеканными изображениями Воскресения Христова, Моления о чаше, Распятия Господня, Положения во гроб и святых апостолов. За жертвенником — образ Воскресения Христова и двунадесятых праздников, в золоченом киоте на древке, в тумбах. Перед престолом — медный, вызолоченный семисвечник. В алтаре было еще пять медных, высеребренных и местами вызолоченных подсвечников и две малых медных, посеребренных и местами позолоченных люстры, о шести свечах каждая. Иконостас главного храма был резной работы, весь вызолоченный, о четырех ярусах. В первом, нижнем ярусе в середине царских врат помещался образ Благовещения Пресвятой Богородицы, а сверху и снизу — четырех евангелистов. На колонках по сторонам царских врат справа находился образ Господа Вседержителя, а слева — Владимирская икона Божией Матери; справа от царских врат — иконы Преображения, архангела Михаила (на южной двери) и святителя Николая, слева — Феодоровской Божией Матери, архангела Гавриила (на северной двери) и Иоанна Крестителя. Во втором ярусе было девять икон малого размера: Тайная вечеря, Вход Господень во Иерусалим, Рождество Христово, Святая Троица, Вознесение, Успение Божией Матери, Сретение, Сошествие Святаго Духа на апостолов и Рождество Пресвятой Богородицы. В середине третьего яруса находился образ Вседержителя с предстоящими Божией Матерью, Предтечею и двумя ангелами; по сторонам от него — иконы двенадцати апостолов. В четвертом ярусе в центре был образ Матери Божией, сидящей на престоле с Предвечным Младенцем, а по сторонам — иконы восьми ветхозаветных пророков. Завершался иконостас крестом. Клиросы главного храма были резные, снаружи золоченные. Около них помещались две медные вызолоченные хоругви. За правым клиросом находились иконы преподобного Серафима Саровского и святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова (последняя — в резном вызолоченном иконостасе), за левым — образ святителя Феодосия Черниговского и Иверская икона Божией Матери в украшенной камнями ризе, тоже в иконостасах. Над иконами Иоанна Богослова и Иверской Божией Матери — по три небольших образа: Спасителя, Божией Матери, Иоанна Предтечи; архангелов Гавриила и Михаила. В арке боковой северной двери стоял большой деревянный осьмиконечный крест, утвержденный на деревянном подножии в виде Голгофы; у амвона — два бронзовых аналогия в серебряно-вызолоченных окладах, с привинченными медными, посеребренными подсвечниками, на тумбах, с подножиями; в деках аналогиев находились частицы святых мощей. В алтаре Никольского придела престол и жертвенник были дубовые, в парчовых облачениях. За престолом на горнем месте находился иконостас, весь вызолоченный и украшенный резьбою, с иконами Спасителя, сидящего на престоле, Божией Матери, Иоанна Предтечи; над ними, в круглых клеймах, помещались изображения Бога Саваофа и двух ангелов. За жертвенником на стенах — иконы «Моление о чаше», в золоченой раме, с лампадой, и Матерь Божия «Троеручица», в медной посеребренной ризе. В правом углу алтаря — образ Спасителя, писанный на полотне, в простой раме за стеклом. За престолом помещались крест и икона Божией Матери «Знамение», металлические, на древках, вставленные в деревянные тумбы, и семисвечник, а по сторонам престола — два малых подсвечника, медные, посеребренные. На престоле под круглым стеклянным колпаком находилась небольшая серебряно-вызолоченная Дарохранительница. Иконостас этого придела был резной, вызолоченный, о трех ярусах. В царских вратах— иконы Благовещения Пресвятой Богородицы и четырех евангелистов; справа от царских врат— образы Спасителя, великомученика Феодора и святителей Афанасия и Кирилла Александрийских (последняя в киоте без оклада); слева — иконы Божией Матери, первосвященника Аарона (на северной двери) и святителя Николая (за стеклом). Во втором ярусе иконостаса было шесть небольших икон двунадесятых праздников, без окладов. В третьем ярусе — образ Вседержителя с предстоящими Божией Матерью и Иоанном Предтечей и четыре иконы святых апостолов. На левой стороне Никольского алтаря, в арке, находился иконостас с большими иконами Спасителя, великомученика Димитрия Солунского и четырех преподобных отцов — Зосимы и Савватия Соловецких, Саввы Звенигородского и Варлаама Хутынского. Сверху, в золоченых рамках,— три образа малого размера: московских святителей Петра, Алексия, Ионы и Филиппа, святого Димитрия Ростовского и Господа Вседержителя, без окладов. Два клироса Никольского придела были резной работы, снаружи вызолочены. Около них находились две медных позолоченных хоругви на древках. За левым клиросом помещались образы благоверного князя Александра Невского с некоторыми святыми и московских святителей Петра, Алексия, Ионы и Филиппа, вставленные в металлические за стеклом рамы, без окладов. За правым клиросом — образ Пресвятой Богородицы «Знамение» и, у южной стены, святителя Николая (над ним — Господь Саваоф). В простенках между окнами южной стороны в резных золоченых киотах помещались иконы Божией Матери «Утоли моя печали» (над ней — небольшой образ «Моление о чаше», без ризы) и Смоленская (над ней — Божия Матерь «Троеручица», тоже малого размера). В юго-западном углу храма находился еще один образ святителя Николая, в золоченой резной раме. В приделе преподобного Сергия Радонежского в алтаре престол и жертвенник тоже были дубовые, покрытые парчовым облачением. За престолом на горнем месте находилась картина Преображения Господня, писанная на полотне масляными красками, в рост, и обложенная бронзою. За жертвенником на восточной стене была укреплена резная золоченая рама с переплетом, в которой размещались иконы: в верхнем ряду святитель Николай, Божия Матерь Донская, Благовещение Пресвятой Богородицы и Воскресение Христово; в нижнем — «Знамение», «Умягчение злых сердец» и Похвала Пресвятой Богородицы. У жертвенника на северной стене находился образ Преображения Господня, в металлическом киоте; над царскими вратами, с внутренней стороны иконостаса — иконы Воскресения Христова и двух апостолов, без окладов. На престоле под небольшим стеклянным колпаком помещалась серебряно-вызолоченная Дарохранительница; перед престолом — семисвещник и по бокам — два малых подсвечника, все медные, посеребренные. Иконостас этого придела также был резной, вызолоченный, о трех ярусах. В царских вратах находились иконы Благовещения Пресвятой Богородицы и четырех евангелистов; справа — образы Спасителя, пророка Захарии (на южной двери) и преподобного Сергия; слева — Божией Матери, царя Мельхиседека (на северной двери) и Преображения Господня. Во втором ярусе — небольшие иконы «Умовение ног», «Моление о чаше», «Снятие со Креста», «Положение во гроб», Святой Троицы и Успение Пресвятой Богородицы, все без окладов. В середине третьего яруса — образ Господа Вседержителя с предстоящими Божией Материю и Предтечею, по сторонам — иконы четырех апостолов. На правой наружной стене алтаря, в арке, были размещены иконы Воскресения Христова с двунадесятыми праздниками; святителя Димитрия Ростовского и преподобного Сергия, с житием. Над ними, в вызолоченных резных рамах, — три небольших образа: святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста; Рождества Пресвятой Богородицы и Коронования Божией Матери, все без риз. Алтарные боковые иконостасы при входе в главный храм были соединены вызолоченным резным полукружием, с шестью иконами-святцами. Оба клироса левого придела были столярной работы, вызолоченные снаружи. Около них помещались две медные позолоченные хоругви. За правым клиросом находились иконы великомученика Пантелеимона и Божией Матери «Умиление» (без ризы), в металлических со стеклом рамах; за левым — Покрова Пресвятой Богородицы, в киоте. По северной стене между окнами, в особых иконостасах, за стеклом, были размещены иконы Божией Матери — Казанская, (сверху — малый образ преподобного Сергия, без ризы); Благовещение (сверху — образ Господа Вседержителя); «Всех скорбящих Радость» (сверху — образ святителя Николая). В северо-западном углу находилась еще одна икона преподобного Сергия Радонежского, в золоченой резной раме. На столбах посреди трапезной церкви с трех сторон были устроены особые вызолоченные иконостасы. На западной стороне правого от входа столба в центре помещался Нерукотворный образ Спасителя, ниже — икона «Положение Иисуса Христа во гроб», за стеклом, а выше — образ Покрова Пресвятой Богородицы. С южной стороны — восемь малых икон, за стеклом. С северной стороны — образ Божией Матери Боголюбской, а над ним — святого Симеона Богоприимца. На левом столбе с западной стороны была икона Божией Матери и сверху — небольшой образ Господа Вседержителя; с южной стороны — образ архангела Михаила и над ним — Благовещения Пресвятой Богородицы; с северной стороны — мученика Иоанна воина, вверху — небольшая икона святителя Николая. Большинство икон в церкви были украшены серебряными вызолоченными окладами и такими же венчиками, перед ними помещалось 37 серебряно-вызолоченных лампад и 32 медных посеребренных подсвечника. В главном храме висело большое медное высеребренное паникадило, о 56 перьях, в четыре ряда, весом 6 пудов 25,5 фунта. В трапезном храме было четыре паникадила — одно посередине, ближе к арке, о 32 перьях, в три ряда, весом 6 пудов 31 фунт; второе перед столбами, о 16 перьях, в два ряда, весом 2 пуда 29 фунтов; третье в приделе святителя Николая, о 16 перьях, в два ряда, весом 2 пуда 22 фунта; и четвертое в приделе преподобного Сергия, о 16 перьях, в два ряда, весом 2 пуда 27 фунтов.
В храме было пять напрестольных Евангелий: одно в полуалександрийский лист; другое на Александрийской бумаге, в лист, обложено малиновым бархатом; еще три на полуалександрийской бумаге — в лист, обложенное зеленым бархатом; в лист, обложенное голубым бархатом; в лист, обложенное малиновым бархатом. Все в серебряно-вызолоченных окладах или с серебряно-вызолоченными украшениями. Кроме того, было четыре Евангелия малого размера для служения молебнов. Напрестольных крестов было восемь, серебряно-вызолоченных, разного размера. Два малых креста предназначались для служения молебнов. Из священных сосудов было три потира, три дискоса, три звездицы, три серебряно-вызолоченных лжицы, три ковша для теплоты, три копия с серебряными ручками и одна серебряно-вызолоченная дароносица. В церковной ризнице находились две плащаницы малинового бархата, шитые золотом; деревянный, резной работы, вызолоченный катафалк для плащаницы, под стеклянным футляром; две малых напрестольных плащаницы голубого атласа; пятнадцать пар воздухов, парчовых и бархатных, разных цветов; три смены одежд для престолов и жертвенников, парчовые; тридцать пар священнослужительских полных облачений, парчовых, бархатных, мишурных, разного цвета; четыре шелковых подризника; четыре стихария для псаломщика, шелковые, разного цвета; пять пелен парчовых и шелковых для аналогиев. (И т.д.) Было описано также недвижимое имущество, принадлежащее Николо-Заяицкой церкви: «Земли при сей церкви — под церковью, погостом и церковными домами — две тысячи четыреста тридцать восемь квадратных сажень (2438 кв. саж.); четыре каменных двухэтажных дома с 15-ю квартирами, из коих 6 заняты причтом, две квартиры до сего времени были заняты школой и богадельней, 7 сдаются внаймы. (Получаемые от сдачи внаймы квартир и амбара суммы идут на содержание храма и причта.) Одноэтажный каменный о 9 растворах амбар, сдаваемый внаймы. Одноэтажная деревянная отштукатуренная сторожка. При означенных домах имеются каменные и один деревянный погреба. Церковный сарай, каменный. Церковная кирпичная ограда с железной решеткой и деревянный забор (по переулку и улице Садовникам и сзади амбара)».
10 февраля 1919 года в юридический отдел Совета депутатов Замоскворецкого района от Николо-Заяицкой приходской общины последовало прошение с просьбой передать ей в пользование богослужебное здание храма с церковным инвентарем согласно представленной описи. Подписали прошение священники Косьма Левкиевский и Василий Смирнов, диакон Николай Тархов, псаломщик Николай Петров и девятнадцать членов общины. 21 февраля был заключен договор, подписанный тридцатью одним прихожанином Николо-Заяицкой церкви, о передаче общине в бесплатное и бессрочное пользование богослужебного здания, находящегося в Москве по Раушской набережной, дом 2, состоящего из одноэтажного каменного помещения с колокольней. Договор мог быть расторгнут со стороны совдепа, а за невыполнение вытекающих из него обязанностей или прямое его нарушение члены общины подвергались уголовной ответственности по всей строгости революционных законов.
В тот же день в юридический отдел поступило заявление от уполномоченных Николо-Заяицкой церковной общины с просьбой возвратить церковную печать, отобранную в ноябре 1918 года. В апреле-мае произошло очередное изъятие церковных ценностей из тринадцати московских храмов на сумму 86 029 руб. 29 коп. (в том числе из Николо-Заяицкой церкви — на 100 руб. 24 коп.). 5 августа Церковный отдел Комиссии по охране памятников искусства и старины при Московском Совете произвел осмотр художественных и исторических ценностей храма. Было зафиксировано, что учета и охраны заслуживают 38 различных церковных предметов, в том числе 14 икон.
В начале апреля 1922 года на основании Постановления ВЦИК было произведено изъятие ценностей в пятнадцати храмах Москвы в фонд помощи голодающим; вес их составил 78 пудов 30 фунтов 32 золотника. В частности, 6 апреля из Николо-Заяицкого храма было вывезено 92 церковных предмета, включая 88 серебряных риз с икон, общим весом 15 пудов 9 фунтов 48 золотников. В протоколе отмечено, что «отношение верующих по изъятию было очень хорошее» и «жалоб со стороны общины... никаких нет». Комиссия по изъятию попыталась забрать и особо чтимые и ценные иконы древнего письма, но их не смогли снять со стен, поскольку они были очень хорошо закреплены и снятие грозило им разрушением, так как «дерево гнилое и совсем рассыпается». По милости Божией, иконы сохранились до 1932 года. В храме для совершения богослужения осталось по 3 дарохранительницы, напрестольных Евангелия и креста, 2 кадила, пара венчальных венцов, 4 лампады, 2 сосуда с принадлежностями. По первому требованию они должны были быть предоставлены в распоряжение комиссии. Прихожане добровольно внесли в фонд помощи голодающим 105 рублей серебром, впоследствии они восполнили и понесенный храмом урон, пожертвовав 8 икон в серебряно-вызолоченных ризах (в основном малого размера), 13 серебряно-вызолоченных и 18 медно-вызолоченных лампад и медный напрестольный крест.
14 января 1930 года президиум Московского Совета принял решение о закрытии церкви и передаче здания под клуб пионеров. Но это решение выполнено не было. В том же году в Замоскворецкий райсовет было направлено заявление о решении образовать «общество верующих при московской Николо-Заяицкой православной церкви» с просьбой о его регистрации на основании постановления ВНИК и СНК РСФСР от 8.04.29 «О религиозных объединениях» и инструкции НКВД от 1.10.29 «О правах и обязанностях религиозных объединений». 4 сентября религиозное общество было зарегистрировано. 6 сентября 1931 года диакон Николай Васильевич Тархов оставил службу в храме по собственному желанию.
19 октября президиум Московского областного исполнительного комитета заслушал ходатайство Ленинского райсовета о закрытии храма и переоборудовании его под мастерские Оргхима и постановил «отказать ввиду того, что указанная церковь считается памятником старины высшей категории». Культовая комиссия Мособлисполкома предложила райсовету выслать дополнительный материал по вопросу закрытия церкви Николы Заяицкого. 17 сентября 1932 года в храм перешла община из закрытой церкви Николы в Пупышах, с частью церковных вещей, утвари и икон. Незадолго до этого, 19 июня, президиум Ленинского райсовета заслушал ходатайство МОГЭСа о закрытии Николо-Заяицкой церкви для использования ее здания под Дом науки и техники и постановил, «учитывая острую нуждаемость... в помещении для... развертывания работы по тех. пропаганде... в виде консультаций, выставок, производственных аварийных кабинетов, тех. библиотеки и читальни, производственных показательных лабораторий» просить Московский Совет церковь Николы Заяицкого закрыть, здание церкви передать МОГЭСу, а группе верующих дать возможность «удовлетворять свои религиозные потребности» в церкви Георгия в Садовниках, находящейся неподалеку.
22 октября 1932 года Мособлисполком вынес соответствующее постановление. Согласно ему, «церковное для отправления культа имущество считается национализированным: предметы из золота, платины, серебра, а также другие камни зачисляются в Госфонд и передаются в распоряжение местных фин. органов или в Нарком просвещения (памятники культуры), если эти предметы состоят у них на учете; все предметы исторической или художественной ценности передаются в Нарком просвещения; остальные предметы (иконы, облачение, хоругви, покровы и т. п.) передаются верующим для переноса в другие молитвенные здания; переходное имущество (деньги, ладан, свечи, масло, вино, воск, дрова и уголь) в случае сохранения общества верующих изъятию не подлежит; молитвенные здания и церковные сторожки, находящиеся на учете по гос. фондам, могут быть переданы последними в безвозмездное пользование соответствующего исполкома, оставаясь при этом в составе национализированного имущества». 29 октября протоиерей Василий Смирнов объявил это постановление прихожанам. 3 января следующего года Исполнительный орган Николо-Заяицкой общины верующих обратился к уполномоченному по делам культа Ленрайсовета с просьбой разрешить членам причта в предстоящие праздники Рождества Христова и Крещения обойти с молебном квартиры тех прихожан, которые пожелают принять их в силу установившегося обычая. Было получено разрешение на «хождение по приходу 7 и 19.01.1933 исключительно по приглашению верующих».
В 1933 году здание храма было передано Московскому объединению государственных электрических станций, которое разместило в ней трансформаторный цех. При приспособлении церковного помещения для новых нужд были разобраны прекрасной работы резные иконостасы, вывезена многочисленная утварь и частично уничтожена роспись стен; оставшуюся роспись покрыли слоями побелок и покрасок; фрагментарно сохранилась лепнина середины XVIII века, в частности рокайлевая рама над дверным проемом на западной стене трапезной, лепные растительные орнаменты и тянутые карнизы на сводах.
В 1939 году храм решили снести. Успели разобрать восьмигранный купол с люкарнами над четвериком основного объема церкви и два верхних яруса колокольни, и лишь вмешательство охраны памятников архитектуры спасло здание от полного уничтожения. К счастью, были сделаны многочисленные фиксационные фотографии храма, а также кроки иконостаса и ворот ограды.
Церковь с разобранным куполом и колокольня без верхних ярусов простояли до 1955 года, когда специалисты под руководством А. С. Алтухова разработали проект их надстройки, взяв за основу сохранившиеся фотографии, данные натурных изысканий и фрагменты деталей декора. Следует отметить, что реставрационные работы 1955—1957 годов не были выполнены в полном объеме и носили скорее косметический характер. До последнего времени храм находился в аварийном состоянии, из-за плохой сохранности фундаментов в кирпичной кладке его стен и сводов образовалось множество сквозных трещин.
В 1992 году Правительство Москвы выпустило постановление о передаче храма Святителя Николая в Заяицком Русской Православной Церкви. Настоятелем назначили клирика храма Святителя Митрофана Воронежского о. Александра Короленкова. Богослужение вначале совершалось в домовой церкви во имя святителя Алексия, митрополита Московского, в отремонтированном общиной доме причта.
В 1996 году Мосэнерго освободило изуродованное, превращенное в промасленный и закопченный цех помещение храма — посреди его центрального придела были проложены рельсы для вагонетки, заходившие в алтарь; в стены вмонтированы металлические перекрытия; интерьер полностью разрушен. Усилиями прихожан, в большинстве членов Братства святителя Алексия, на пожертвования различных организаций и частных граждан были демонтированы все приспособления, оставшиеся от прежнего арендатора, заменены системы отопления, водо- и электроснабжения, отреставрированы колокольня и трапезная часть храма, произведены внутренние и наружные отделочные работы — вычинка стен и сводов, штукатурка, устройство гранитных и керамических полов. В 1998 году освятили новый иконостас Никольского придела. Были заново сооружены два яруса и купол с барабаном 45-метровой колокольни, оборудован новый мраморный баптистерий. 30 декабря 1999 года на колокольню водрузили крест. Спустя месяц после этого события мэр Москвы Ю. М. Лужков, увидев поднявшуюся над Раушской набережной колокольню, принял решение помочь в восстановлении храма и церковных построек. За счет средств инвестиционного проекта был восстановлен купол над главным приделом с восемью окнами-люкарнами в своде, для чего четверик предварительно надстроили примерно на три метра в высоту (при толщине стен около 2,5 м). Стены и свод выкладывались, как и прежние, из кирпича, общий вес надстройки составил около 1,5 тыс. т.
Купол и трапезную покрыли медью и на храм водрузили золоченую главку с крестом. В главном приделе и его алтаре были завершены штукатурные работы, устроено отопление, электрика, для будущих гранитных полов сделано бетонное основание-стяжка. Реконструированы бывшие церковные лабазы на набережной. По согласованию с Управлением по охране памятников города Москвы в их центральной части надстроен второй этаж; над остальной частью лабазов, насколько позволяла высота чердачных перекрытий, устроены помещения для книжной ярмарки, издательства, иконописной мастерской, книжного коллектора и библиотечного книгохранилища (дореволюционная приходская библиотека Николо-Заяицкоге храма была одной из крупнейших в Москве). На первом этаже лабазов разместятся торговые залы, праздничная трапезная с кухней, хлебопекарня, гараж со сварочной мастерской и подсобные помещения. Фасад лабазов, выходящий на набережную, приобрел вид, близкий к первоначальному.
В 2000 году приход своими силами завершил наружные работы по колокольне: она была оштукатурена, покрашена, купол покрыт медью, установлены новые дубовые двери -западный вход в храм, отреставрированы металлические наружные входные двери. Для Сергиевского придела был заново написан иконостас.
В настоящее время завершаются работы в центральном приделе (за исключением установки иконостаса и устройства кованых хоров на западной стене четверика) и в лабазах и благоустройство территории храма с мощением гранитной брусчаткой.
В храме было пять напрестольных Евангелий: одно в полуалександрийский лист; другое на Александрийской бумаге, в лист, обложено малиновым бархатом; еще три на полуалександрийской бумаге — в лист, обложенное зеленым бархатом; в лист, обложенное голубым бархатом; в лист, обложенное малиновым бархатом. Все в серебряно-вызолоченных окладах или с серебряно-вызолоченными украшениями. Кроме того, было четыре Евангелия малого размера для служения молебнов. Напрестольных крестов было восемь, серебряно-вызолоченных, разного размера. Два малых креста предназначались для служения молебнов. Из священных сосудов было три потира, три дискоса, три звездицы, три серебряно-вызолоченных лжицы, три ковша для теплоты, три копия с серебряными ручками и одна серебряно-вызолоченная дароносица. В церковной ризнице находились две плащаницы малинового бархата, шитые золотом; деревянный, резной работы, вызолоченный катафалк для плащаницы, под стеклянным футляром; две малых напрестольных плащаницы голубого атласа; пятнадцать пар воздухов, парчовых и бархатных, разных цветов; три смены одежд для престолов и жертвенников, парчовые; тридцать пар священнослужительских полных облачений, парчовых, бархатных, мишурных, разного цвета; четыре шелковых подризника; четыре стихария для псаломщика, шелковые, разного цвета; пять пелен парчовых и шелковых для аналогиев. (И т.д.) Было описано также недвижимое имущество, принадлежащее Николо-Заяицкой церкви: «Земли при сей церкви — под церковью, погостом и церковными домами — две тысячи четыреста тридцать восемь квадратных сажень (2438 кв. саж.); четыре каменных двухэтажных дома с 15-ю квартирами, из коих 6 заняты причтом, две квартиры до сего времени были заняты школой и богадельней, 7 сдаются внаймы. (Получаемые от сдачи внаймы квартир и амбара суммы идут на содержание храма и причта.) Одноэтажный каменный о 9 растворах амбар, сдаваемый внаймы. Одноэтажная деревянная отштукатуренная сторожка. При означенных домах имеются каменные и один деревянный погреба. Церковный сарай, каменный. Церковная кирпичная ограда с железной решеткой и деревянный забор (по переулку и улице Садовникам и сзади амбара)».
10 февраля 1919 года в юридический отдел Совета депутатов Замоскворецкого района от Николо-Заяицкой приходской общины последовало прошение с просьбой передать ей в пользование богослужебное здание храма с церковным инвентарем согласно представленной описи. Подписали прошение священники Косьма Левкиевский и Василий Смирнов, диакон Николай Тархов, псаломщик Николай Петров и девятнадцать членов общины. 21 февраля был заключен договор, подписанный тридцатью одним прихожанином Николо-Заяицкой церкви, о передаче общине в бесплатное и бессрочное пользование богослужебного здания, находящегося в Москве по Раушской набережной, дом 2, состоящего из одноэтажного каменного помещения с колокольней. Договор мог быть расторгнут со стороны совдепа, а за невыполнение вытекающих из него обязанностей или прямое его нарушение члены общины подвергались уголовной ответственности по всей строгости революционных законов.
В тот же день в юридический отдел поступило заявление от уполномоченных Николо-Заяицкой церковной общины с просьбой возвратить церковную печать, отобранную в ноябре 1918 года. В апреле-мае произошло очередное изъятие церковных ценностей из тринадцати московских храмов на сумму 86 029 руб. 29 коп. (в том числе из Николо-Заяицкой церкви — на 100 руб. 24 коп.). 5 августа Церковный отдел Комиссии по охране памятников искусства и старины при Московском Совете произвел осмотр художественных и исторических ценностей храма. Было зафиксировано, что учета и охраны заслуживают 38 различных церковных предметов, в том числе 14 икон.
В начале апреля 1922 года на основании Постановления ВЦИК было произведено изъятие ценностей в пятнадцати храмах Москвы в фонд помощи голодающим; вес их составил 78 пудов 30 фунтов 32 золотника. В частности, 6 апреля из Николо-Заяицкого храма было вывезено 92 церковных предмета, включая 88 серебряных риз с икон, общим весом 15 пудов 9 фунтов 48 золотников. В протоколе отмечено, что «отношение верующих по изъятию было очень хорошее» и «жалоб со стороны общины... никаких нет». Комиссия по изъятию попыталась забрать и особо чтимые и ценные иконы древнего письма, но их не смогли снять со стен, поскольку они были очень хорошо закреплены и снятие грозило им разрушением, так как «дерево гнилое и совсем рассыпается». По милости Божией, иконы сохранились до 1932 года. В храме для совершения богослужения осталось по 3 дарохранительницы, напрестольных Евангелия и креста, 2 кадила, пара венчальных венцов, 4 лампады, 2 сосуда с принадлежностями. По первому требованию они должны были быть предоставлены в распоряжение комиссии. Прихожане добровольно внесли в фонд помощи голодающим 105 рублей серебром, впоследствии они восполнили и понесенный храмом урон, пожертвовав 8 икон в серебряно-вызолоченных ризах (в основном малого размера), 13 серебряно-вызолоченных и 18 медно-вызолоченных лампад и медный напрестольный крест.
14 января 1930 года президиум Московского Совета принял решение о закрытии церкви и передаче здания под клуб пионеров. Но это решение выполнено не было. В том же году в Замоскворецкий райсовет было направлено заявление о решении образовать «общество верующих при московской Николо-Заяицкой православной церкви» с просьбой о его регистрации на основании постановления ВНИК и СНК РСФСР от 8.04.29 «О религиозных объединениях» и инструкции НКВД от 1.10.29 «О правах и обязанностях религиозных объединений». 4 сентября религиозное общество было зарегистрировано. 6 сентября 1931 года диакон Николай Васильевич Тархов оставил службу в храме по собственному желанию.
19 октября президиум Московского областного исполнительного комитета заслушал ходатайство Ленинского райсовета о закрытии храма и переоборудовании его под мастерские Оргхима и постановил «отказать ввиду того, что указанная церковь считается памятником старины высшей категории». Культовая комиссия Мособлисполкома предложила райсовету выслать дополнительный материал по вопросу закрытия церкви Николы Заяицкого. 17 сентября 1932 года в храм перешла община из закрытой церкви Николы в Пупышах, с частью церковных вещей, утвари и икон. Незадолго до этого, 19 июня, президиум Ленинского райсовета заслушал ходатайство МОГЭСа о закрытии Николо-Заяицкой церкви для использования ее здания под Дом науки и техники и постановил, «учитывая острую нуждаемость... в помещении для... развертывания работы по тех. пропаганде... в виде консультаций, выставок, производственных аварийных кабинетов, тех. библиотеки и читальни, производственных показательных лабораторий» просить Московский Совет церковь Николы Заяицкого закрыть, здание церкви передать МОГЭСу, а группе верующих дать возможность «удовлетворять свои религиозные потребности» в церкви Георгия в Садовниках, находящейся неподалеку.
22 октября 1932 года Мособлисполком вынес соответствующее постановление. Согласно ему, «церковное для отправления культа имущество считается национализированным: предметы из золота, платины, серебра, а также другие камни зачисляются в Госфонд и передаются в распоряжение местных фин. органов или в Нарком просвещения (памятники культуры), если эти предметы состоят у них на учете; все предметы исторической или художественной ценности передаются в Нарком просвещения; остальные предметы (иконы, облачение, хоругви, покровы и т. п.) передаются верующим для переноса в другие молитвенные здания; переходное имущество (деньги, ладан, свечи, масло, вино, воск, дрова и уголь) в случае сохранения общества верующих изъятию не подлежит; молитвенные здания и церковные сторожки, находящиеся на учете по гос. фондам, могут быть переданы последними в безвозмездное пользование соответствующего исполкома, оставаясь при этом в составе национализированного имущества». 29 октября протоиерей Василий Смирнов объявил это постановление прихожанам. 3 января следующего года Исполнительный орган Николо-Заяицкой общины верующих обратился к уполномоченному по делам культа Ленрайсовета с просьбой разрешить членам причта в предстоящие праздники Рождества Христова и Крещения обойти с молебном квартиры тех прихожан, которые пожелают принять их в силу установившегося обычая. Было получено разрешение на «хождение по приходу 7 и 19.01.1933 исключительно по приглашению верующих». В 1933 году здание храма было передано Московскому объединению государственных электрических станций, которое разместило в ней трансформаторный цех. При приспособлении церковного помещения для новых нужд были разобраны прекрасной работы резные иконостасы, вывезена многочисленная утварь и частично уничтожена роспись стен; оставшуюся роспись покрыли слоями побелок и покрасок; фрагментарно сохранилась лепнина середины XVIII века, в частности рокайлевая рама над дверным проемом на западной стене трапезной, лепные растительные орнаменты и тянутые карнизы на сводах.В 1939 году храм решили снести. Успели разобрать восьмигранный купол с люкарнами над четвериком основного объема церкви и два верхних яруса колокольни, и лишь вмешательство охраны памятников архитектуры спасло здание от полного уничтожения. К счастью, были сделаны многочисленные фиксационные фотографии храма, а также кроки иконостаса и ворот ограды.
Церковь с разобранным куполом и колокольня без верхних ярусов простояли до 1955 года, когда специалисты под руководством А. С. Алтухова разработали проект их надстройки, взяв за основу сохранившиеся фотографии, данные натурных изысканий и фрагменты деталей декора. Следует отметить, что реставрационные работы 1955—1957 годов не были выполнены в полном объеме и носили скорее косметический характер. До последнего времени храм находился в аварийном состоянии, из-за плохой сохранности фундаментов в кирпичной кладке его стен и сводов образовалось множество сквозных трещин.
В 1992 году Правительство Москвы выпустило постановление о передаче храма Святителя Николая в Заяицком Русской Православной Церкви. Настоятелем назначили клирика храма Святителя Митрофана Воронежского о. Александра Короленкова. Богослужение вначале совершалось в домовой церкви во имя святителя Алексия, митрополита Московского, в отремонтированном общиной доме причта.
В 1996 году Мосэнерго освободило изуродованное, превращенное в промасленный и закопченный цех помещение храма — посреди его центрального придела были проложены рельсы для вагонетки, заходившие в алтарь; в стены вмонтированы металлические перекрытия; интерьер полностью разрушен. Усилиями прихожан, в большинстве членов Братства святителя Алексия, на пожертвования различных организаций и частных граждан были демонтированы все приспособления, оставшиеся от прежнего арендатора, заменены системы отопления, водо- и электроснабжения, отреставрированы колокольня и трапезная часть храма, произведены внутренние и наружные отделочные работы — вычинка стен и сводов, штукатурка, устройство гранитных и керамических полов. В 1998 году освятили новый иконостас Никольского придела. Были заново сооружены два яруса и купол с барабаном 45-метровой колокольни, оборудован новый мраморный баптистерий. 30 декабря 1999 года на колокольню водрузили крест. Спустя месяц после этого события мэр Москвы Ю. М. Лужков, увидев поднявшуюся над Раушской набережной колокольню, принял решение помочь в восстановлении храма и церковных построек. За счет средств инвестиционного проекта был восстановлен купол над главным приделом с восемью окнами-люкарнами в своде, для чего четверик предварительно надстроили примерно на три метра в высоту (при толщине стен около 2,5 м). Стены и свод выкладывались, как и прежние, из кирпича, общий вес надстройки составил около 1,5 тыс. т.
Купол и трапезную покрыли медью и на храм водрузили золоченую главку с крестом. В главном приделе и его алтаре были завершены штукатурные работы, устроено отопление, электрика, для будущих гранитных полов сделано бетонное основание-стяжка. Реконструированы бывшие церковные лабазы на набережной. По согласованию с Управлением по охране памятников города Москвы в их центральной части надстроен второй этаж; над остальной частью лабазов, насколько позволяла высота чердачных перекрытий, устроены помещения для книжной ярмарки, издательства, иконописной мастерской, книжного коллектора и библиотечного книгохранилища (дореволюционная приходская библиотека Николо-Заяицкоге храма была одной из крупнейших в Москве). На первом этаже лабазов разместятся торговые залы, праздничная трапезная с кухней, хлебопекарня, гараж со сварочной мастерской и подсобные помещения. Фасад лабазов, выходящий на набережную, приобрел вид, близкий к первоначальному.
В 2000 году приход своими силами завершил наружные работы по колокольне: она была оштукатурена, покрашена, купол покрыт медью, установлены новые дубовые двери -западный вход в храм, отреставрированы металлические наружные входные двери. Для Сергиевского придела был заново написан иконостас.
В настоящее время завершаются работы в центральном приделе (за исключением установки иконостаса и устройства кованых хоров на западной стене четверика) и в лабазах и благоустройство территории храма с мощением гранитной брусчаткой.
